Alguns historiadors han identificat Batea amb una important ciutat d’Ilercavònia (citada per Ptolemeu) coneguda per “Adeba”. Hi ha dubtes sobre aquest supòsit, però és obvi que Batea, com la resta de poblacions de la comarca de la Terra Alta, és d’origen protohistòric.

Existeixen restes de diferents poblats ibers ubicats al terme de Batea. I també d’un tram de 3 km de l’antiga via romana, que comunicava el port de Dertusa (Tortosa) amb les ciutats de l’interior de la província Tarraconense, com Ilerda (Lleida) i Caesaraugusta (Saragossa). El traçat es correspon amb l’antic camí dels Massalocans, que va de Batea a la Pobla de Massaluca, i és el principal vestigi que ha quedat del pas dels romans per Batea.

Després d’haver pres el territori als àrabs, l’any 1153, Batea se cita per primer cop en un document escrit. Es tracta de la carta de donació de Ramon Berenguer IV als Templers de Miravet. L’any 1181 hi ha dues concessions d’Alfons I referents a Batea i l’Algars. Atorga carta de poblament als futurs residents sota el fur de Saragossa, però alhora concedeix els dos castells, a fur de Barcelona, al cavaller Bernat Granell el qual va fer-ho efectiu. Uns anys després, els templers van exigir i recuperar el domini de Batea i l’Algars.

Quan el 1317 els hospitalers van heretar els béns dels templers, Batea, Pinyeres i l’Algars formaven part de la Batllia de Miravet, la qual es coneixeria més endavant com la Castellania d’Amposta.

Després d’uns segles de moltes guerres i epidèmies, al XVIII arriba la prosperitat econòmica i demogràfica. Es fa palesa en la construcció de la nova església parroquial de Sant Miquel i en l’expansió agrícola més enllà del terme municipal i en l'engrandiment del poble.

Durant la Guerra Civil (1936-1939), la vila es troba situada a la reraguarda del front de l’Ebre, plena d’hospitals de campanya.